会议传达了党中央、国务院对湖泊水污染防治工作的重要指示精神，对下一步工作进行了部署。国家环保总局局长周生贤指出，湖泊水环境整治攻坚力争遏制湖泊富营养化加重的趋势，逐步改善湖体水环境质量，同时对重点湖泊生态安全逐一进行评价，根据不同湖泊的治理重点和难点，有针对性地进行研究和论证，实行“一湖一策”，科学确定湖泊治理的目标。
据介绍，我国每年平均有２０个天然湖泊在消亡，新中国成立５０多年来已经减少了约１０００个内陆湖泊。自“九五”以来，国家将“三湖”（太湖、巢湖、滇池）污染防治列为重点，经过两个五年计划，１０多年的治理，虽然取得了阶段性进展，水污染问题却未能从根本上得到解决。当前，重点湖泊生态系统十分脆弱，富营养化已经接近临界点，湖体水质出现了加快恶化的趋势，抓紧治理刻不容缓。
针对目前湖泊的“病态”，会议提出根据“三湖”治理出现的新情况、新问题，认真总结经验教训，采取更为明确、科学的指导方针，即“远近结合、标本兼治 分类指导、因地制宜，科学规划、综合治理，加强领导、狠抓落实”。同时采取综合性的治理措施，如防止蓝藻暴发、调整产业结构、环境基础设施建设、面源污染控制、生态治理工程、加大污染治理投入、强化科技支撑、加强协调配合、严格环境执法监督和落实防污治污责任等。
会议还明确了让湖泊休养生息的政策措施，其中一些细节不乏亮点——２００７年年底前，重点湖泊流域内所有城市要全面开征污水处理费，标准不得低于０．８元／吨；在重点湖泊流域全面实施化学需氧量、总氮、总磷排放总量控制制度；太湖流域要依照发达国家对工业企业排放的要求，制定新的标准；巢湖和滇池流域也要出台更加严格的工业企业氮、磷排放标准；太湖、巢湖、滇池流域要在２００８年底前全面取消湖泊围网养殖等。
据介绍，目前，“三湖”流域污染整治已经展开，江苏省政府与苏南５市政府签订了治污目标责任状，安徽省抓紧修订《巢湖流域水污染防治条例》，云南省正在加快实施还湖截污等六大工程，全力攻克滇池污染。 louis
