根据《2007年重庆市环境状况公报》，2007年，重庆“三江”21个监测断面均满足三类水质标准。其中，长江入境断面朱沱水质为二类，出境断面培石水质为一类；嘉陵江大溪沟断面为三类，其余两个断面为二类；乌江4个断面水质均为二类。
然而，重庆境内次级河流的水质有所下降。全市58条主要次级河流120个监测断面中，水质在三类以上的占69.1％。其中，满足水域功能要求的断面占70.8％，与前年相比下降1.3个百分点。位于三峡库区的33条一级支流，均不同程度地出现富营养状况，其中巫山大宁河、奉节梅溪河、云阳澎溪河等河流的回水区部分河段曾发生“水华”现象。
