1984年5月11日，《中华人民共和国水污染防治法》由六届全国人大常委会第五次会议通过，自1984年11月1日起施行。1996年5月15日，根据八届全国人大常委会第十九次会议《关于修改〈中华人民共和国水污染防治法〉的决定》对这部法律作了修改。
实践证明，水污染防治法实施以来，其确立的水污染防治规划、环境影响评价和“三同时”制度、排污申报、排污收费、饮用水地表水源保护等基本法律制度是正确的，有关规定也是切实可行的，对于防治水污染发挥了重要的作用。但是，随着我国经济的持续快速增长和经济规模的不断扩大，水污染物排放一直没有得到有效地控制。水污染防治和水环境保护形势面临着旧帐未了、又欠新帐的局面。主要表现在：一是水污染物排放总量居高不下，水体污染相当严重；二是部分流域水资源的开发利用程度过高，加剧了水污染的恶化趋势；三是城乡居民饮用水安全存在极大隐患；四是水污染事故频繁发生；五是原水污染防治法对违法行为处罚力度不够，使得守法成本高，违法成本低，需要进一步完善有关法律责任。针对上述新情况、新问题，原水污染防治法的有关规定已经不能完全适应水污染防治新形势、新问题的需要，必须从法律制度上加以修改、补充和完善。
2008年2月28日，十届全国人大常委会第三十二次会议对原水污染防治法予以了全面修订。新修订的《中华人民共和国水污染防治法》共八章九十二条，将于2008年6月1日起实施。这部法律在总结我国实施水污染防治法经验的基础上，借鉴国际上的一些成功做法，加强了水污染源头控制，完善了水环境监测网络，强化了重点水污染物排放总量控制制度，全面推行排污许可制度，完善饮用水水源保护区管理制度，在加强工业污染防治和城镇污染防治的基础上又增加了农村面源污染防治和内河船舶的污染防治，增加了水污染应急反应要求，加大了对违法行为的处罚力度，完善了民事法律责任。这一系列法律制度的建立健全，对防治水污染，保护和改善环境，保障饮用水安全，促进经济社会全面协调可持续发展具有重要的意义。
与原水污染防治法相比，新法在适用范围、水污染防治的标准和规划、排污申报、环境影响评价和“三同时”制度等方面基本保留并维持了原水污染防治法的有关规定。同时，也在以下几方面对原水污染防治法的有关内容作了修改、完善和补充。
一、水污染防治的原则
水污染防治的原则是水污染防治领域在一定时期内指导各项工作的指导思想，也是制定各项具体政策应当体现的精神。原水污染防治法没有对水污染防治的原则作出规定，本次修订增加了这一内容，即：水污染防治应当坚持预防为主、防治结合、综合治理的原则，优先保护饮用水水源，严格控制工业污染、城镇生活污染，防治农业面源污染，积极推进生态治理工程建设，预防、控制和减少水环境污染和生态破坏。
二、关于地方政府对水污染防治的责任
一个地区的水环境的好坏，与地方人民政府是否切实承担起防治水污染的职责密切相关。为了保证本法规定的各项水污染防治措施能够落到实处，落实地方政府保护水环境的责任，本次修订新增加两方面的规定：其一，明确县级以上地方人民政府应当对本行政区域的水环境质量负责；其二，明确国家实行水环境保护目标责任制和考核评价制度，将水环境保护目标完成情况作为对地方人民政府及其负责人考核评价的内容。
三、关于水环境生态保护补偿机制
为了鼓励保护水环境，统筹区域发展，对一些为保护水环境作出贡献的位于水源上游的经济不发达地区，建议通过财政转移支付等方式给予生态保护补偿的呼声较高。对此，国务院已有明确要求，水污染防治法为了给今后我国建立健全水环境生态保护补偿机制提供法律保障，新增加了有关关于水环境生态保护补偿机制的原则性规定，即国家通过财政转移支付等方式，建立健全对位于饮用水水源保护区区域和江河、湖泊、水库上游地区的水环境生态保护补偿机制。
四、关于排放水污染物的法定要求
原水污染防治法，从当时的经济、技术发展水平环境保护需要考虑，规定了排污缴费，超标缴纳超标排污费的制度。即按照这一规定超标排污不是违法行为，只要依法缴纳超标排污费即可。
当前，我国水污染形势日益严峻，环境保护工作面临越来越严峻的挑战。必须实行更为严格的环境保护法律制度，下大力气解决危害人民群众健康和影响经济社会全面协调可持续发展的突出环境问题，把防治污染，特别是防治水污染作为工作的重中之重，努力建设环境友好型社会。因此，本次修订的一个重点就是将排放水污染物的法定要求提高，即规定排放水污染物，不得超过国家或者地方规定的水污染物排放标准和重点水污染物排放总量控制指标。
按照这一新规定，超标排污或超过重点水污染物排放总量控制指标排污的，都属于违法行为，应当承担本法规定的相应的法律后果，即：由县级以上人民政府环境保护主管部门按照权限责令限期治理，处应缴纳排污费数额二倍以上五倍以下的罚款。限期治理期间，由环境保护主管部门责令限制生产、限制排放或者停产整治。限期治理的期限最长不超过一年；逾期未完成治理任务的，报经有批准权的人民政府批准，责令关闭。
五、关于重点水污染物排放的总量控制制度
原水污染防治法对水污染防治总量控制制度规定，仅限于对实现水污染物达标排放仍不能达到国家规定的水环境质量标准的水体，并规定具体办法由国务院规定。
为了体现预防为主的原则，加强对水污染物的源头削减和排放控制，本次修订将原水污染防治法实施重点水污染物排放总量控制制度的范围扩大到了全国，即：一是国家对重点水污染物排放实施总量控制制度。二是省、自治区、直辖市人民政府应当按照国务院的规定削减和控制本行政区域的重点水污染物排放总量，并将重点水污染物排放总量控制指标分解落实到市、县人民政府。市、县人民政府根据本行政区域重点水污染物排放总量控制指标的要求，将重点水污染物排放总量控制指标分解落实到排污单位。三是具体办法和实施步骤由国务院规定。四是省、自治区、直辖市人民政府可以根据本行政区域水环境质量状况和水污染防治工作的需要，确定本行政区域实施总量削减和控制的重点水污染物。对超过重点水污染物排放总量控制指标的地区，有关人民政府环境保护主管部门应当暂停审批新增重点水污染物排放总量的建设项目的环境影响评价文件。五是国务院环境保护主管部门对未按照要求完成重点水污染物排放总量控制指标的省、自治区、直辖市予以公布。省、自治区、直辖市人民政府环境保护主管部门对未按照要求完成重点水污染物排放总量控制指标的市、县予以公布；县级以上人民政府环境保护主管部门对违反本法规定、严重污染水环境的企业予以公布。
目前，受国务院委托，国家环保总局已经与各省、自治区、直辖市人民政府分别签订了水污染物排放总量控制目标责任书，各地方也层层分解重点水污染物排放总量控制指标，将其落实到地市和重点排污企业。
六、关于排污许可制度
排污许可制度是加强污染物排放监管的重要手段。这次修订水污染防治法增加了这方面的内容，即：国家实行排污许可制度。直接或者间接向水体排放工业废水和医疗污水以及其他按照规定应当取得排污许可证方可排放的废水、污水的企业事业单位，应当取得排污许可证；城镇污水集中处理设施的运营单位，也应当取得排污许可证。排污许可的具体办法和实施步骤由国务院规定。禁止企业事业单位无排污许可证或者违反排污许可证的规定向水体排放前款规定的废水、污水。同时，禁止私设暗管或者采取其他规避监管的方式排放水污染物。否则，应当承担本法第七十五条规定的法律责任。
七、农业、农村及船舶水污染防治
为了加强农业和农村水污染防治，加强内河船舶的污染防治，本次修订还专门增加了“农业和农村水污染防治”、“船舶水污染防治”两方面的内容。
1、在加强农业和农村水污染防治方面，新法对使用、运输、存贮农药和处置过期失效农药作了限制，防止造成水污染；要求畜禽养殖场、养殖小区应当保证其畜禽粪便、废水的综合利用或者无害化处理设施正常运转，保证污水达标排放，防止污染水环境；要求从事水产养殖应当科学确定养殖密度，合理投饵和使用药物，防止污染水环境；还规定利用工业废水和城镇污水进行灌溉，应当防止污染土壤、地下水和农产品等。
2、在加强船舶水污染防治，减少和降低船舶作业活动对内河水域的污染方面，新法明确了船舶排放含油污水、生活污水，应当符合船舶污染物排放标准；明确了船舶应当采取的防污措施；加强了对船舶污染物、废弃物处理单位的管理以及对船舶作业的污染监控。
八、优先保护饮用水水源
原水污染防治法对生活饮用水水源的保护已经作了严格的规定。为了确保广大人民群众的饮用水安全，这次修订进一步完善了饮用水水源保护区制度，对饮用水水源和其他特殊水体保护设专章作了规定。主要内容包括：
1、完善了饮用水水源保护区管理制度，规定饮用水水源保护区分为一级保护区和二级保护区；必要时，可以在饮用水水源保护区外围划定一定的区域作为准保护区。
2、明确了饮用水水源保护区的划定和争议的解决，规定饮用水水源保护区由有关市、县人民政府提出划定方案，报省、自治区、直辖市人民政府批准；跨市、县饮用水水源保护区由有关市、县人民政府协商提出划定方案，报省、自治区、直辖市人民政府批准；协商不成的，由省、自治区、直辖市人民政府环境保护主管部门会同同级水行政、国土资源、卫生、建设等部门提出划定方案，征求同级有关部门的意见后，报省、自治区、直辖市人民政府批准。跨省、自治区、直辖市的饮用水水源保护区，由有关省、自治区、直辖市人民政府商有关流域管理机构划定；协商不成的，由国务院环境保护主管部门会同同级水行政、国土资源、卫生、建设等部门提出划定方案，征求国务院有关部门的意见后，报国务院批准。
3、明确了饮用水水源保护区的严格管理制度，规定在饮用水水源保护区内，禁止设置排污口。在饮用水水源一级保护区内，禁止新建、改建、扩建与供水设施和保护水源无关的建设项目，已建成的与供水设施和保护水源无关的建设项目，由县级以上人民政府责令拆除或者关闭；禁止从事网箱养殖、旅游、游泳、垂钓或者其他可能污染饮用水水体的活动。在饮用水水源二级保护区内，禁止新建、改建、扩建排放污染物的建设项目，已建成的排放污染物的建设项目，由县级以上人民政府责令拆除或者关闭；从事网箱养殖、旅游等活动的，应当按照规定采取措施，防止污染饮用水水体。禁止在饮用水水源准保护区内新建、扩建对水体污染严重的建设项目；改建建设项目，不得增加排污量。同时，本法第八十一条对违反本法上述规定的行为明确规定了相应的法律责任。
4、在饮用水准保护区内实行积极的保护措施，规定在准保护区内，县级以上地方人民政府应当根据实际需要，采取工程措施或者建造湿地、水源涵养林等生态保护措施，防止水污染物直接排入饮用水水体，确保饮用水安全。
九、关于水污染应急反应
为了进一步增强水污染应急反应能力，减少水污染事故对环境造成的危害，同时与突发事件应对法的有关规定相衔接，本次修订增加了“水污染事故处置”一章，增加了有关水污染应急反应的内容，包括：
1、依法做好水污染事故的应急准备、应急处置和事后恢复等工作，即各级人民政府及其有关部门，可能发生水污染事故的企业事业单位，应当依照突发事件应对法的规定，做好突发水污染事故的应急准备、应急处置和事后恢复等工作。
2、水污染事故的应急方案的制定。可能发生水污染事故的企业事业单位，应当制定有关水污染事故的应急方案，做好应急准备，并定期进行演练。生产、储存危险化学品的企业事业单位，应当采取措施，防止在处理安全生产事故过程中产生的可能严重污染水体的消防废水、废液直接排入水体。
3、水污染事故应急方案的启动和报告，即企业事业单位发生事故或者其他突发性事件，造成或者可能造成水污染事故的，应当立即启动本单位的应急方案，采取应急措施，并向事故发生地的县级以上地方人民政府或者环保部门报告。环保部门接到报告后，应当及时向本级人民政府报告，并抄送有关部门。造成渔业污染事故或者渔业船舶造成水污染事故的，应当向事故发生地的渔业主管部门报告，接受调查处理。其他船舶造成水污染事故的，应当向事故发生地的海事管理机构报告，接受其调查处理；给渔业造成损害的，海事管理机构应当通知渔业主管部门参与调查处理。
十、完善法律责任
为了加大水污染违法成本，增强对违法行为的震慑力，解决“违法成本高、守法成本低”的问题，本次修订在法律责任一章对违反本法规定行为的行政责任、民事责任、刑事责任都相应增加了规定，大大丰富了法律责任的内容。
1、在行政责任方面，首先是丰富了处罚手段，根据违法行为性质的不同，规定了责令停止违法行为、责令限期改正、责令限期拆除、强制拆除、罚款、责令限期治理、责令停业、责令关闭、责令船舶临时停航等措施及处罚。其次是普遍提高了对违法行为的处罚力度，增强了法律责任的可操作性：一是提高了对违法行为罚款的绝对值，如对在饮用水水源保护区内设置排污口且人民政府责令其限期拆除而逾期仍不拆除的，最高罚款额提高到100万元；二是增强了罚款的可操作性，如对不正常使用或者未经批准拆除、闲置水污染物处理设施等行为规定了处以应缴纳排污费数额2倍以上5倍以下的罚款，又如对造成水污染事故的，按照水污染事故的直接损失的百分比处以罚款；三是增加了对责任人的罚款，即企业事业单位造成水污染事故的，可以对单位直接负责的主管人员和其他责任人员其处以上一年度其从本单位取得的收入50％以下的罚款。
2、在民事责任方面，增加了一系列规定，主要包括：一是确定了民事责任的承担原则，即规定因水污染受到损害的当事人，有权要求排污方排除危害和赔偿损失。其中由于不可抗力造成水污染损害的，排污方不承担赔偿责任；法律另有规定的除外。由受害人故意造成的水污染损害，排污方不承担赔偿责任。由受害人重大过失造成的水污染损害，可以减轻排污方的赔偿责任。由第三人造成的水污染损害，排污方承担赔偿责任后，有权向第三人追偿。二是在举证责任的分担上，规定因水污染引起的损害赔偿诉讼，由排污方就法律规定的免责事由及其行为与损害结果之间不存在因果关系承担举证责任。三是对因水污染受到损害的当事人众多的，规定可以依法由当事人推选代表人进行共同诉讼。四是对支持诉讼和法律援助方面，规定环保部门和有关社会团体可以依法支持因水污染受到损害的当事人向人民法院提起诉讼；国家鼓励法律服务机构和律师为水污染损害诉讼中的受害人提供法律援助。五是在当事人对有关水污染监测数据的取得上，规定因水污染引起的损害赔偿责任和赔偿金额的纠纷，当事人可以委托环境监测机构提供监测数据；环境监测机构应当接受委托，如实提供有关监测数据。
此外，本法还明确规定，违反本法构成违反治安管理行为的，依法给予治安管理处罚；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
