作为南水北调工程的主要影响地区，陕西省正在抓紧时间调研该工程对被调水地区的影响，并希望得到中央政府和用水地区的补偿。
4月10日，“南水北调中线工程水源区水土保持生态补偿机制研讨会”在陕西汉中召开，包括陕西省水土保持局、全球水伙伴等国际NGO组织以及相关专家对此进行探讨，希望建立长效的补偿机制。
南水北调中线工程始于湖北丹江口水库，其中70%的水都来自陕南地区。丹江口水库的水源主要来自丹江和汉江，这两条河流的发源地为陕西南部的汉中和商洛。为了保证中线工程的水质，汉中因此关闭了大量的工业企业，同时进行了大规模的退耕还林。
“要关闭很多工厂，当时曾有过很大争议，但为了保证水质，人大最后还是做出了关闭的决议。”一位汉中市官员说。
截至2007年底，汉中关停排污不达标企业65家，废水达标排放率由59%提高到87%，污水排放总量减少近35%。
而“十五”以来，陕西省丹江口库区已开展重点治理的小流域有870条，投入建设资金30多亿元，初步治理水土流失面积9714平方公里，提高治理程度21%，水土保持措施年均拦蓄泥沙总量3700多万吨。截至2007年底，累计完成退耕地造林461.4万亩，荒山造林403.1万亩；建立自然保护区19个，面积3456平方公里，区内森林覆盖率较“九五”末提高6个百分点以上。
“为了保证北京的水质，我们不得不关闭所有的工厂。可大家总得要活命。所以我说，政府需要为陕西提供补偿。如果你不为群众提供补偿，他们还怎么生存？”前中共陕西省委书记安启元公开表示。
“一江清水送北京，引水思源要补偿。”陕西省水保局局长张秦岭说，“总的原则是谁受益谁补偿，谁破坏谁恢复，谁污染谁治理。”陕西当地另一位官员认为，汉江、丹江流域地区为此付出了巨大的发展成本，中央政府和收益地区理应对此进行补偿。
张秦岭说，水资源应当与煤炭、石油、天然气一样，成为一种商品，缺水地区调用陕南的水资源，应当给予一定的补偿。
目前，南水北调中线水源区所提供的生态服务功能主要是由工程下游沿线地区所享受，当地政府和中央政府是受益者的集体代表，因此应当是生态补偿的主体；接受补偿的主体应是南水北调中线水源涵养区提供生态服务功能的地方政府、企业法人和社区居民等，因为不仅相关法人和自然人承担了机会成本损失和额外的投入成本，地方政府也由于限制发展而承担了一定的机会成本损失。
来自河北的一位前水利部门官员说：“河北和汉中同病相怜，也做出了很大的牺牲，汉中的任务比我们更艰巨，但现在的问题不在技术上，而在于在现有的制度框架下，上下游利益相关者如何配套资源。目前我国的水权、水价、水市场的政策法规尚未完全确立，要形成协调各方利益的补偿机制仍存在很大困难。”
陕西希望能够建立一种长效的补偿机制，其具体内容包括：将生态补偿纳入中央财政的一般性转移支付制度、建立水资源费征收返还机制、逐步建立中央政府协调监督下的利益相关方生态补偿的自愿协商和市场交易制度、实行永久性粮食补助政策等。
陕西当地一位专家说，“目前还没有明确的跨流域水资源开发和利用的经济补偿法律条文，但从现有的法律中，能找出密切相关的法律条文和政策依据”。
但也有专家提出异议：“南水北调工程的造价本身比较高，水价也可能比较高，如果在水费征收时加上生态补偿这个费用，用水地区可能难以承受。”
“具体牵扯到的部门可能包括各地区的水利、财政、发改委、环保等各方面，要达成比较一致的意见，还需要各利益相关方的广泛参与，包括跨部门参与、公众参与等。”全球水伙伴中国委员会主席董哲仁说。
